Szkoła Doktorska na Uniwersytecie Papieskim Jana Pawła II w Krakowie została powołana przez Rektora UPJPII, ks. prof. dr. hab. Wojciecha Zyzaka, w drodze Zarządzenia nr 11/2019 z dnia 20 maja 2019 r.

Szkoła doktorska jest jednostką ogólnouczelnianą.

Celem kształcenia w szkole doktorskiej jest stworzenie doktorantom najlepszych warunków zarówno do rozwoju osobowego (w szczególności na płaszczyźnie moralnej i religijnej), jak również do poszukiwania prawdy, a także uzyskanie takiej harmonii pomiędzy nimi, aby doktorant realizując swój indywidualny temat badawczy wpisał się w ogólną misję Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie, jaką jest realizacja uniwersalnego posłannictwa Kościoła wyrażona słowami Chrystusa: Idźcie i nauczajcie (Mt 28,19).

Aby móc sprostać temu zadaniu, zajęcia odbywają się w modułach umożliwiających odpowiedź nie tylko na potrzeby dzisiejszej ewangelizacji, ale także nabycie umiejętności prowadzenia badań i przekazywania wiedzy, zarówno z nauk teologicznych jak i z historii, filozofii, nauk o komunikacji społecznej i mediach czy nauk socjologicznych. Istotne znaczenie odgrywa również interdyscyplinarność kształcenia pomagająca otwierać się na prawdę, dobro i piękno, a także na podejmowanie dialogu, w którym – jak wskazywał Jan Paweł II w Częstochowie w 1979 r. – trzeba jasno mówić, kim ja jestem, żebym mógł rozmawiać z kimś drugim, który jest inny.

Ważnym elementem kształcenia jest także możliwość wyboru przez doktorantów modułu zajęć w języku obcym, prowadzonych przez zagranicznych profesorów. Podkreśla on uniwersalność nauki, jak i Kościoła, który poprzez kształcenie nowych naukowców pragnie oddziaływać na współczesne społeczeństwo w duchu chrześcijańskiego systemu wartości.